वनस्पती व प्राणी यांच्या अवशेषापासून जे खत तयार होते त्याला सेंद्रिय खत म्हणतात.
सेंद्रिय खतांमध्ये महत्त्वाची खते म्हण्जे शेणखत, कंपोस्ट, हिरवळीची खते, गांडूळ खते, माश्यांचे खत, खाटिक खाण्याचे खत, हाडांछे खत, तेलबियांची पेंड इत्यादी.
- शेणखत : शेण, मुत्र, गोठ्यातील पालापाचोळा इत्यादी घटकापासून तयार होणा-या खताला शेणखत म्हणतात. त्यामध्ये नत्र, स्फूरद व पालाश असते. शेणाचा महत्त्वाचा उपयोग म्हण्जे बायोगँसमध्ये उर्जा निर्मितीसाठी होतो आणि शिल्लक राहिलेले पातळ शेण पिकांच्या वाढीसाठी पोषक अन्नद्रव
य म्हणुन वापरले जाते.
- कंपोस्ट खत :- शेतातील गवत, पिकांचे कापणीनंतर उरलेले अवशेष, भुसा, उसाचे पाचट, कापसाची धसकटे इ. सेंद्रिय पदार्थाचे सुक्ष्मजीवजंतु मुळे विघटन होऊन त्यातील कार्बन नत्राचे प्रमाण कमी होते व चांगला कुजलेला पदार्थ तयार होतो त्याला कंपोस्ट म्हणतात. यामध्ये नत्र, स्फुरद आणि पालाश असते.
- हिरवळीची खते :- लवकर वाढणा-या पीकांची निवड करून, त्यांची दाट पेरणी करुन पीक फुलो-यावर येण्याच्या आधी ते नागराच्या सहाय्याने जमिनीत गाडतात त्यापासून जमीनीला नत्र मिळते. जमिनीचा पोत सुधारतो व ती सुपीक बनते. अशा खतांना हिरवळीचे खत म्हणतात.
गाडलेल्या पिकांना कुजण्य़ासाठी दीड ते दोन महिन्यांचा कालवधी लागतो.
ताग, धैच्या, मूग, चवळी, गवार, शेवरी, बरसीम, ग्लीरीसिडीया तागापासून नत्राचा पुरवठा ५ ते ६ आठवड्यात होतो.मुगाचा पालापाचोळा जमिनीत गाडल्यामुळे व्हाच्या उत्पादनात चांगली वाढ होते.
- गांडूळ खत – ह्या खतात गांडूळाची विष्ठा, नैसर्गिकरित्या कुजलेले पदार्थ, गांडूळाची अंडीपूंज, बाल्यावस्था आणी अनेक उपयुक्त जीवाणूंचा समावेश असलेल्या खताला गांडूळ खत म्हणतात.
- माशाचे खत – समुद्रकिनारी वाया गेलेल्या माशांपासून तसेच माशाचे तेल काढल्यानंतर उरलेल्या अवशेषापासून जे खत तयार होते ज्यात नत्र, स्फुरद आणि पालाश यांचे प्रमाण भरपूर असते याला माशाचे खत म्हणूनही म्हंटले जाते.
- खाटीकखान्याचे खत – खाटीकखान्यात जनावरांचे रक्त व अवशेषापासून जे खत बनवितात त्याला खाटीकखान्याचे खत म्हणतात यात नत्र आणि स्फुरद चांगल्या प्रमाणत असते.